nematos

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Bioinformatics

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Transciptome sequencing
Metagenome sequencing
Whole genome sequencing
Bioinformatics

DEG analysis

report

DEG analysis
( t-test, p-value)

- Scatter plot

- Volcano

- Heatmap

- Clustering analysis

Reactome pathway
analysis

Related Disease
analysis

Go-term analysis

Heatmap

유의한 DEG 리스트에 대하여 각 샘플의 gene 별 expression level(normalized value)를 이용하여 발현 정도가 유사한 샘플 및 genes를 hierarchical clustering analysis (EuclideanDistance , CompleteLinkage)를 통하여 그룹화하여 나타내었습니다.

Scatter plot

해당 비교 조합간 발현 값을 scatter plot으로 나타냅니다.
X축은 control, Y축은 sample
그룹의 normalized value의 평균을 나타냅니다.

Clustering

샘플 간 변이를 줄이기 위하여 TMM 방법으로 normalization을 수행한 후 Log2(FPKM+1)값을 사용 하여 유전자의 발현패턴의 유사성에 따라서 클러스터링 과정을 통해서 그룹화를 수행하였습니다.
Distancemetric : EuclideanDistance
Linkagemethod : CompleteLinkage

Volcano plot

Volcano plot은 두 그룹 사이에서 차별 발현 유전자 (DEG, Differentially Expressed Gene) 를 시각적으로 선별하기 위한 시각화 그래프로서 발현량의 차이를 쉽게 파악할 수 있다.
해당 그래프는 Log-scaled P-value를 Y축으로 Log-scaled fold-change를 X축으로 갖는 그래프로 구성되어 있으며 결과값이 마치 화산폭발을 하는 것과 유사하다고 하여 Volcano plot으로 이름 붙여졌다.

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